第32回(2003年度)

大賞
 「黄昏流星群」弘兼憲史
 「一連の作品」いしいひさいち

優秀賞
 「Cartoon2003」菊池正文

特別賞
 「その業績」森熊猛

文部科学大臣賞
 「前作品」上田トシコ

第31回(2002年度)

大 賞
 「ゴルゴ13」さいとう・たかを
 「サンワリ君ほか一連の作品」鈴木義司

特別賞
 「25年にわたる『漫画新聞』の発行と、アジアMANGAサミット開催を推進した功績」木村忠夫

新人賞
 「ユキポンのお仕事」東和弘
 「神戸在住」木村紺

文部大臣賞
 「全作品」わたなべまさこ

第30回(2001年度)

大 賞
 「アサッテ君」東海林さだお
 「こちら葛飾区亀有公園前派出所」秋本治

特別賞
 「GOGOモンスター」松本大洋

文部大臣賞
 「全作品」ちばてつや

第29回(2000年度)

大 賞
 (該当作なし)

優秀賞
 「サラリ君」西村 宗
 「越後荒川堂夜話」石坂和道
 「“変身”杉本昭義まんが集」杉本昭義

選考委員特別賞
 「のらくろ他一連の作品」田河水泡
 「冒険ダン吉」島田啓三

文部大臣賞
 「一連の作品」小島 功

第28回(1999年度)

大 賞
 「絵で読む阿弥陀経」佐川美代太郎

優秀賞
 「コボちゃん」「おとぼけ課長」植田まさし
 「パタリロ」魔夜峰央
 「老いは愉し!老人漫画宣言」西澤勇司

特別賞
 「名句のせかいを描く」漫画家の絵本の会

選考委員特別賞
 「クリちゃんの動物園さんぽ」根本 進

文部大臣賞
 「まっぴら君」加藤芳郎

第27回(1998年度)

大 賞
 (該当作なし)

優秀賞
 「怪奇版画男」唐沢なをき
 「新しい町古い街東京スケッチ」「てくてくスケッチ」鈴木太郎
 「あじさいの唄」森 栗丸

特別賞
 「錦子の世界」大山錦子

文部大臣賞
 「全作品」石ノ森章太郎

第26回(1997年度)

大 賞
 「アタゴオル玉手箱」ますむらひろし

優秀賞
 「AGON 収録作品及び世相漫画」河原崎弘司
 「越後屋小判」奈知未佐子

選考委員特別賞
 「暢気な兵隊」青木久利

文部大臣賞
 「全作品」赤塚不二夫

第25回(1996年度)

大 賞
 (該当作なし)

優秀賞
 「あっかんベェー休」坂口 尚
 「カートゥーンコーナー」坂井せいごう
 「男は肥料 女は天晴れ」ぬまじりよしみ
 「20世紀の366日」橋本 勝
 「ペッパーミント物語」森 雅之

選考委員特別賞
 「箱絵」泉 ゆきを

文部大臣賞
 「『ゲゲゲの鬼太郎』他一連の妖怪漫画」水木しげる

第24回(1995年度)

大賞
 「漫画『サンデーコンサート』展」小澤一雄

優秀賞
 「ぐるぐるバイバイまた来てネ」田中智海
 「ガラスの仮面」美内すずえ
 「どんぐりの家」山本おさむ

選考委員特別賞
 「漫画月刊誌『ガロ』を30余年にわたり発行し多くの作家を育てた功績」長井勝一

文部大臣賞
 「アンパンマン」やなせたかし

第23回(1994年度)

大 賞
 「風の谷のナウシカ」宮崎駿

優秀賞
 「ナンセンス・スポーツ」笠松 洋
 「絵ニマルズ」香取正樹
 「緋の稜線」佐伯かよの

特別賞
 「Qman 九州漫画家協会結成45周年記念」九州漫画家協会

文部大臣賞
 「ドラえもん」藤子・F・不二雄